Ciljni raziskovalni programi se oblikujejo in izvajajo v sodelovanju ministrstva, pristojnega za znanost in tehnologijo (v nadaljevanju: MZT) z drugimi ministrstvi, ki so pristojna za področja, ki jih pokriva posamezen ciljni raziskovalni program (v nadaljevanju: sodelujoča ministrstva), in drugimi proračunskimi uporabniki, ki so naročniki projektov.
Posamezno sodelujoče ministrstvo ima praviloma en ciljni raziskovalni program, lahko pa za različna področja dejavnosti, za katera je pristojno, oblikuje tudi dva ali več ciljnih raziskovalnih programov.