Zavodi opravljajo svoje naloge po zakonu o zdravstvu, po posebnih zakonih in drugih predpisih, po družbenih dogovorih, samoupravnih sporazumih in po sklenjenih pogodbah ter po svojem statutu.
Za opravljanje svojih nalog morajo imeti zavodi organizirane po prvem odstavku 59. člena zakona o zdravstvu najmanj tele službe oziroma strokovne enote: za socialno medicino in za organizacijo zdravstvenih dejavnosti, za zdravstveno statistiko in evidenco, za splošno epidemiologijo in epidemiologijo nalezljivih bolezni, za določena področja higiene, za zdravstveno prosveto in vzgojo ter ustrezne laboratorijske službe.
Na podlagi proučevanj in ugotovitev s svojega delovnega področja dajejo zavodi pristojnim organom in organizacijam ustrezne predloge (58. člen zakona o zdravstvu).