Članice univerze usmerjajo znanstveno-raziskovalno delo s programom. Program znanstvenoraziskovalnega dela, s katerim se uresničuje nacionalni program visokega šolstva, sprejme Senat članice univerze po predhodnem soglasju Senata univerze.
Pri oblikovanju programa znanstveno-raziskovalnega dela upoštevajo članice univerze področja nacionalnega pomena in težišča raziskovalne dejavnosti, ki jih sprejme Senat univerze.