Doktorski študij traja štiri leta (direktni doktorski študij) in je organiziran tako, da se prvi dve leti izvajata po pravilih za magistrski študij, drugi dve leti pa kot individualno raziskovalno delo.
V doktorski študij se lahko vpišejo kandidati, ki so predhodno izredno uspešno končali ustrezen študijski program za pridobitev univerzitetne izobrazbe in izpolnjujejo pogoje za vpis v magistrski študij ter so sposobni za poglobljeno samostojno in izvirno raziskovalno delo.
Možnost nadaljevanja podiplomskega študija po tretji alinei prejšnjega člena se omogoča podiplomskim študentom, ki so opravili vse izpite in so bili iz predmetov magistrskega študija ocenjeni s povprečno oceno, kot jo določa študijski program, oziroma z oceno najmanj osem ter izkazujejo poglobljeno samostojno in izvirno raziskovalno delo. Senat fakultete skladno s to določbo po potrebi določi program prehoda z magistrskega študija na enovit doktorski študij.
Možnost pridobitve doktorata znanosti po četrti alinei prejšnjega člena se omogoči kandidatom, ki opravijo posebni izpit (rigoroz) iz predmetov znanstvenih področij oziroma disciplin, ki jih določi komisija za znanstveno- raziskovalne zadeve članice.