Predsedstvo Republike Slovenije vodi in poveljuje Teritorialni obrambi Republike Slovenije v miru in odloča o uporabi teritorialne obrambe v izrednih razmerah.
Zvezni organi uresničujejo vodenje in poveljevanje v Teritorialni obrambi Republike Slovenije v skladu z zakonom v neposredni vojni nevarnosti in v vojni.
Predsedstvo Republike Slovenije lahko prenese določene zadeve vodenja v Teritorialni obrambi Republike Slovenije na republiškega sekretarja za ljudsko obrambo. Republiški sekretar za ljudsko obrambo je Predsedstvu Republike Slovenije odgovoren za uresničevanje teh zadev.
Republiški štab za teritorialno obrambo je organ v sestavi Republiškega sekretariata za ljudsko obrambo.