Dejavnosti Inštituta v skladu z Uredbo o standardni klasifikaciji dejavnosti (Uradni list RS, št. 69/07 in 17/08) so:
Inštitut kot multidisciplinarni javni raziskovalni zavod, povezan z visokošolskimi organizacijami v okviru Programa dela Inštituta izvaja kot javno službo raziskovalne programe, ki predstavljajo zaokroženo področje raziskovalnega dela, za katerega je pričakovati, da bo v svetu aktualen še v naslednjem desetletju in je hkrati za Slovenijo tako pomembno, da obstaja državni interes, da se na tem področju dolgoročno raziskuje. Inštitut opravlja temeljno in aplikativno raziskovanje ter skrbi za razvoj in delovanje infrastrukture v okviru Raziskovalne in inovacijske strategije Slovenije.
Inštitut v okviru svoje dejavnosti opravlja strokovno-razvojne naloge, za katere Inštitut pridobi pooblastilo, koncesijo, imenovanje ali je kako drugače izbran v skladu z veljavnimi predpisi, povezane s temeljnimi in aplikativnimi raziskavami iz prejšnjega odstavka, in sicer:
Podrobnejša opredelitev in predvideni obseg strokovno-razvojnih nalog iz prejšnjega odstavka se določi v letnem programu strokovno-razvojnih nalog Inštituta, ki je usklajen s pristojnimi ministrstvi in drugimi državnimi organi in je sestavni del letnega programa dela in finančnega načrta Inštituta.
Za opravljanje dejavnosti znanstvenega informiranja deluje Inštitut kot specializirani INDOK center. INDOK center skrbi za nabavo, obdelavo in hrambo gradiva z različnih področij slovenskega narodnega vprašanja in tvori osrednjo specializirano bazo podatkov ter skrbi za diseminacijo znanstvenih informacij.
Za preučevanje medetičnih odnosov in zaščite manjšin v jugovzhodni Evropi se na inštitutu ustanovi Mednarodni center za medetične odnose in manjšine v jugovzhodni Evropi, kot notranja organizacijska enota.
Za raziskovanje medetničnih odnosov v obmejnem prostoru deluje v Lendavi organizacijska enota Lendava / Lendva.
Za raziskovanje položaja Slovencev na Hrvaškem deluje na Reki (Republika Hrvaška) organizacijska enota Enota Reka.