V 28. členu se za štirinajstim odstavkom dodajo novi petnajsti do petindvajseti odstavek, ki se glasijo:
»(15)
Za varstvo raka primorskega koščaka se regulacijska dela v vodotokih (Glinščica s pritoki, Škofijski potok) ne smejo izvajati v času visokih vodostajev in v času razmnoževanja vrste (od septembra do novembra). Tik pred začetkom gradbenih del v vodotokih se čim več rakov ulovi in začasno premesti nad območje posega. Dela naj se izvajajo pod nadzorom strokovnjaka za rake. Vse ureditve vodotokov se načrtujejo tako, da se hidrološko/hidravlične razmere bistveno ne spreminjajo. Pri premostitvi vodotokov se za utrjevanje bregov uporabljajo čim bolj avtohtoni materiali, potoki se ne smejo poglabljati, širiti ali ožiti, ipd. Brežine se ne utrjujejo z betonskimi zidovi.
(16)
Med obratovanjem se vsaj štirikrat letno izvaja pregled varnostne ograje za divjad in se jo po potrebi popravi.
(17)
Gradnja se začne po gnezditvenem obdobju ptic, ki traja od začetka aprila do konca junija. V času gnezditvenega obdobja se zelo hrupna dela na površju ne izvajajo, če to ni nujno potrebno. V obdobju od začetka aprila do konca junija tudi ni dovoljeno odstranjevanje lesne vegetacije. Na objektih ne sme biti slabo opaznih in štrlečih objektov. V času obratovanja se med stebri napelje dodatna jeklena pletenica in se jo opremi z visečimi tablami, ki povečajo vidnost električnih vodnikov. Izvede se zasaditev z avtohtono vegetacijo, primerno za gnezdenje na tem območju živečih ogroženih vrst ptičev.
(18)
Po zaključeni gradnji se na celotnem območju gradbišča vzpostavi prvotno stanje; vse na novo urejene površine se ozelenijo oziroma zasadijo z avtohtonimi drevesnimi in grmovnimi vrstami.
(19)
Za zatiranje plevela ob progi se uporabljajo izključno ekološka fitofarmacevtska sredstva.
(20)
Mostovi čez vodotoke so urejeni tako, da je pod njimi suh prehod, ki živalim omogoča varno prehajanje. Širina suhega prehoda ≥ 2 m, svetla višina mosta nad suhim obrežjem ≥ 2,5 m.
(21)
Ob nepredvidenem odprtju jame (jamskega habitata) v času gradnje se obvestijo pristojne institucije, ki jamo pregledajo in dajo navodila za ustrezno zavarovanje najdbe ali sanacijo podzemnega habitata. V novo odkritih jamskih habitatih se zagotovi speleobiološki nadzor. Preprečijo se onesnaženje podzemlja ali spremembe v jamski klimi med gradnjo in obratovanjem. Ureditvena dela odprtih odsekov novo odkritih jam se izvedejo tako, da se v jami jamska klima zaradi odprtja ali zračenja jame ne spremeni.
(22)
Sečnja se zaradi zaščite varstveno pomembnih saproksilnih vrst hroščev izvaja le v obdobju med septembrom in marcem. Posekan les se z območja takoj po poseku odstrani ali trajno pusti na kraju poseka. Če posekan les ostane na območju poseka v obdobju razmnoževanja (med aprilom in avgustom) in po njem, njegova odstranitev ni več dopustna zaradi zalege varstveno pomembnih hroščev v njem.
(23)
Za zmanjšanje vpliva na netopirje se neposredno po izvedbi poseke gozda na območju namestijo netopirnice. Ko so znane površine izkrčenega gozda, izvajalec monitoringa predvidi lokacije za postavitev netopirnic. Postavi naj se približno pet netopirnic na posekan hektar gozda.
(24)
Ker so na širšem območju Glinščice in v bližini predvidene trase na območju Črnega Kala evidentirana gnezdišča velike uharice, se z izvajanjem gradbenih del na območju Črnega Kala prične po prvi polovici julija, na območju Glinščice pa se čas pričetka del prilagodi ugotovitvam strokovnjaka ornitologa glede na spremljanje stanja velike uharice.
(25)
Pri odrivih zemlje se humusna plast odgrne in odloži na lokaciji posega, ločeno od ostalega materiala, in se takoj po končani gradnji uporabi za prekritje.«.