Vse stroške pri uresničevanju protokolarnih nalog, razen stroškov za zaposlene v Protokolu in za protokolarna darila iz prejšnjega člena, ki nastajajo pri izvajanju protokolarnih dogodkov, poravnajo uporabniki oziroma organi gostitelja sami iz sredstev svojega finančnega načrta. Protokol lahko krije omenjene stroške tudi neposredno, vendar jih mora organ gostitelja Protokolu povrniti v 30 dneh od prejema zahtevka za refundacijo stroškov.
Če je za izvedbo protokolarnega dogodka, katerega gostitelji so predsednik Republike Slovenije, predsednik Državnega zbora Republike Slovenije, predsednik Vlade Republike Slovenije, potrebna navzočnost zdravnika, je ta del stalnega spremstva. Stroške zdravnika krije gostitelj.
Stroške pomoči in storitev protokola na podlagi 16. člena in šestega odstavka 21. člena Zakona o zagotavljanju pogojev za opravljanje funkcije predsednika republike (Uradni list RS, št. 15/03), ki jih ne krije gostitelj posameznega dogodka, krije Protokol.