Za strokovno izvedbo postopkov kontrole porekla in presoje ter ocenjevanja dosežene kakovosti v zvezi s podelitvijo znaka in pravice do uporabe kolektivne blagovne znamke, imenuje strokovni svet Javnega zavoda strokovne komisije, katerih člani so kvalificirani za ocenjevanje področnih skupin produktov in storitev.
Komisije so praviloma 5-članske, vodijo jih osebe, ki so najbolj priznani strokovnjaki in poznavalci posameznega področja.
Predloge za, praviloma zunanje, člane komisije, pripravijo na povabilo zavoda referenčne organizacije, združenja, zbornice ali društva in strokovni svet zavoda.
Komisije posredujejo odločitve za svoje predloge strokovnemu svetu zavoda, praviloma s strokovnim konsenzom in utemeljitvami ter so za strokovno pravilne odločitve njemu tudi odgovorne.
Administrativne storitve za komisije opravlja osebje JZ KP Goričko.
Zunanjim članom komisije se povrnejo prevozni stroški pri delu komisije.