Na odseku od km 5,8 do km 9,4 poteka trasa avtoceste na obrobju širšega varstvenega pasu (cona 3) vodnih virov vrtin PR-3/92 nad Prilipami ter Mo-1/88 in Mo-2/88 ob Dolinskem potoku pod Mokricami.
Območje mednarodnega mejnega prehoda Obrežje (MMP) je izven varstvenega pasu vodnih zajetij pri Bregani na območju Republike Hrvaške.
Zaradi velike ranljivosti vodonosnika na območju MMP je treba predvideti vodotesno kanalizacijo, lovilce olj in prečiščevanje fekalnih in onesnaženih meteornih voda v čistilni napravi Mlake. Iztok iz čistilne naprave v Savo je izven vodovarstvenega območja zajetij pri Bregani.
Avtocesta ne sme v ničemer poslabšati obstoječega stanja kakovosti ostalih vodnih virov, kar je treba doseči z ustreznimi gradbenotehničnimi ukrepi, z ustreznim načinom gradnje ter po izgradnji z ustreznim načinom vzdrževanja. Ob morebitnem poslabšanju stanja je investitor dolžan zagotoviti ustrezno sanacijo.
Med gradnjo in obratovanjem avtoceste je treba upoštevati naslednje pogoje: