Za delo sindikatov mora biti zagotovljeno:
Plača sindikalnega zaupnika za čas sindikalne aktivnosti se določi na enak način kot za njegov redni delovni čas in vključuje tudi vse dodatke.
Sindikalni zaupnik reprezentativnega sindikata, podpisnika tega aneksa, ki opravlja funkcijo profesionalno ali neprofesionalno, je postavljen v manj ugoden položaj, če po izpolnitvi vsakega napredovalnega obdobja ne napreduje za vsaj en plačni razred. Sindikalnemu zaupniku se lahko napredovanje v plačni razred zadrži, če k predlogu za zadržanje napredovanja poda soglasje sindikat, ki ga zastopa.
Sindikalnemu zaupniku se lahko določi delovna uspešnost, ki je nižja od povprečne ocene delovne uspešnosti v zavodu oziroma onemogoči napredovanje najmanj na vsaka tri leta, če k takemu ravnanju poda sindikat soglasje v 8 dneh od prejetja direktorjevega predloga.
Sredstva, potrebna za izvajanje določb prvega, drugega in tretjega odstavka tega člena, kakor tudi za strokovno pomoč in druge pogoje za delo sindikata v javnih raziskovalnih zavodih, zagotavlja Ministrstvo za znanost in tehnologijo v okviru rednega financiranja osnovne dejavnosti teh zavodov.
Odločitev pooblaščenega delavca ali organa zavoda, s katero naj bi bil sindikalni zaupnik prerazporejen na drugo delovno mesto, v drugo organizacijo oziroma k drugemu delodajalcu, ali kako drugače postavljen v manj ugoden ali podrejen položaj, je brez pravnega učinka, če sindikat k njej ne poda pisnega soglasja. Rok, v katerem je sindikat dolžan dati soglasje, je 8 dni. V primeru, ko sindikat oceni, da je odločitev posledica sindikalne dejavnosti sindikalnega zaupnika in zato ne poda soglasja, lahko pooblaščeni delavec ali organ sproži postopek pred arbitražo. Dokazno breme je na zavodu oziroma delodajalcu.
Zoper sindikalnega zaupnika tudi ni mogoče brez soglasja sindikata zavoda začeti disciplinskega postopka ali mu znižati njegove osnovne plače oziroma plače iz naslova učinkovitosti pod povprečje zadnjih treh mesecev. V primeru spora je dokazno breme na zavodu oziroma delodajalcu.
Spor pred arbitražo lahko sproži tudi sindikat, če meni, da je sindikalni zaupnik šikaniran zaradi sindikalne dejavnosti.
Glede sestave arbitraže in postopka pred arbitražo se smiselno uporabljajo določbe zakona o delovnih razmerjih in te kolektivne pogodbe o arbitraži, ki v primeru spora odloča o programu razreševanja presežkov delavcev v zavodu.