Zavod upravlja upravni odbor.
Upravni odbor sestavlja 15 članov, od tega pet predstavnikov organizacij in delodajalcev, organiziranih v gospodarski zbornici in drugih združenjih, pet predstavnikov delavcev, organiziranih v sindikatih ter pet predstavnikov Vlade Republike Slovenije.
Člane upravnega odbora imenujejo organizacije delavcev oziroma delodajalcev iz prejšnjega odstavka in Vlada Republike Slovenije. Način imenovanja urejajo posebni predpisi.
Mandat članov upravnega odbora traja štiri leta. Po preteku mandata je ista oseba lahko znova imenovana največ še za eno mandatno dobo.