Upravni odbor ima pet članov.
Ustanoviteljica imenuje tri člane, in sicer enega na predlog Ministrstva za finance, enega na predlog Ministrstva za pravosodje in enega na predlog Uprave Republike Slovenije za izvrševanje kazenskih sankcij.
En član je direktor enega od zavodov za prestajanje kazni zapora in prevzgojnega doma (v nadaljevanju: zavodi za prestajanje kazni zapora), ki je imenovan za dve leti. Upravni odbor s poslovnikom določi zaporedje imenovanj.
Enega člana upravnega odbora izvolijo zaposleni v zavodu. Kandidata za člana upravnega odbora lahko pisno predlaga skupina najmanj polovice zaposlenih. Postopek volitev določi upravni odbor s poslovnikom.
Člani upravnega odbora, razen člana iz tretjega odstavka tega člena, so imenovani za štiri leta.