Za učinkovito delovanje mora agencija izpolnjevati pogoje za:
-
vzpostavitev učinkovitih sistemov notranjega finančnega nadzora,
-
delovanje računovodske funkcije in
-
uporabo vseh predpisov, ki so pogoj za uporabo finančnih sredstev EU.
Agencija s posebnim pooblastilom opredeli pristojnosti in odgovornosti odredbodajalca, notranjega revizorja in računovodje. Te osebe so delavci s posebnimi pooblastili in so materialno odgovorne za izvajanje nalog v skladu s predpisi.