Notranja revizija agencije preverja da:
-
so postopki, ki jih predpiše agencija ustrezni zahtevam Evropske unije in skladni s predpisi Republike Slovenije,
-
so obračunske evidence popolne in pravočasne,
-
so preverjanja ali nadzori usmerjeni na izbrana področja in na primerno izbrane vzorce transakcij za obdobje, ki ne presega pet let,
-
so metode za vodenje programa, določbe za spremljanje in preverjanje izvrševanja programa, sistemi za preprečevanje in preverjanje nepravilnosti in postopki za povračilo nepravilnih ali neupravičeno plačanih zneskov skladni z zahtevami Evropske unije in predpisi Republike Slovenije.
Notranja revizija se izvaja skladno z mednarodnimi revizijskimi standardi. Revizijski načrti in poročila morajo biti vedno dostopni certifikacijskemu organu, ki je Organ za nadzor proračuna pri Ministrstvu za finance in pooblaščenim osebam Evropske unije z mandatom za opravljanje finančnih revizij in z osnovnim namenom ocene učinkovitosti delovanja notranje revizije.