Agencija mora za sistem upravljanja s finančnimi sredstvi Evropske unije zagotavljati:
-
natančna postopkovna pravila za upravljanje s sredstvi,
-
da pred vsako odobritvijo plačil preveri upravičenost zahtevkov in skladnost s pravili Evropske unije,
-
da pravilno in v celoti zavede v predpisanih postopkih izvedena plačila,
-
da potrebne dokumente predloži v času in obliki, ki jih predpisujejo pravila Evropske unije in predpisi v Republiki Sloveniji,
-
uvedbo načela delitve nalog odredbodajalca, notranjega revizorja in računovodje,
-
da zaposli ustrezno usposobljene kadre z računovodskim znanjem, znanjem poznavanja struktur Evropske unije in tujih jezikov,
-
stalno usposabljanje strokovnega kadra.