Če agencija naknadno ugotovi, da je bilo izplačilo finančnih sredstev Evropske unije upravičencem nepravilno ali neupravičeno izvršeno, mora takoj zahtevati vračilo sredstev v proračun.
Če se pri proračunskem nadzoru ugotovi, da so bila finančna sredstva Evropske unije uporabljena v nasprotju z zakonom ali proračunom, proračunski inšpektor v skladu z določili zakona o javnih financah izreče ukrep, s katerim se zahteva vračilo sredstev.