Graditev objektov HE Boštanj ter izvajanje spremljajočih posegov v prostor oziroma ukrepov poteka v naslednjem zaporedju:
1.
Pripravljalna dela:
ureditev gradbišča ter deponij za gramoz in prst; dovozna cesta na gradbišče; izgradnja nadomestnih objektov za stavbe, ki jih je potrebno porušiti v k.o. Boštanj; arheološka izkopavanja; dokumentiranje ogrožene naravne in kulturne dediščine ter krajinskih značilnosti.
2.
Prvi del gradbenih in zemeljskih del:
prestavitve energetskih vodov, vodovodnega omrežja, telefonskih vodov, ki so vezani na izgradnjo novega odseka ceste M 10-3; izgradnja novega odseka magistralne ceste M 10-3, lokalne ceste Kompolje - M 10-3, dovozne ceste Dol. Boštanj - R 326, zbirne mestne ceste Dol. Boštanj - R 326 - Boštanj, prestavitev lokalne ceste Šmarje-Breg in izgradnja vodovodnega priključka za Orehovo.
3.
Drugi del gradbenih in zemeljskih del:
razširitev struge reke Save na levem bregu, zapiranje struge reke Save z začasnimi pregradami in izkop gradbene jame; deponiranje prsti in gramoza; nadomestna gradnja objektov, ki jih je potrebno porušiti v k.o. Kompolje in k.o. Šmarje.
4.
Tretji del gradbenih, zemeljskih in vodnogospodarskih del:
izgradnja jezovne zgradbe s stikališčem in transformatorjem; rušitve stanovanjskih, gospodarskih in drugih objektov; izgradnja energetskih nasipov, drenažnih kanalov, tesnilne zavese z drenažnim omrežjem v vasi Kompolje; rekonstrukcija obstoječega dela ceste M 10-3; zgraditev vodovodnega priključka za Kompolje, sanacija železniških propustov in nasipa, stanovanjskih in gospodarskih objektov, vodnjakov, greznic; ureditve na pritokih reke Save; sanacija objektov kulturne dediščine.
5.
Četrti del gradbenih, zemeljskih in vodnogospodarskih del:
zasip depresije; ureditev peš poti, umetnega otoka, trstičja, prodišča, usedalnikov, pristanov; ureditev struge akumulacije; hortikulturna ureditev energetskih nasipov in obrežnega pasu; sanacija pokopališča Kompolje; izgradnja kanalizacije in čistilnih naprav; zgraditev novega odseka ceste R 326.
6.
Peti del gradbenih, zemeljskih in vodnogospodarskih del:
odstranitev začasnih pregrad; ureditev območja začasnih deponij; ureditev okolice HE Boštanj in dovozne ceste; ureditev priključkov za lastno rabo HE Boštanj (vodovod, elektrika, kanalizacija, greznica, telefon, telekomunikacije); priključek na zbiralni daljnovod 110 kV; ureditev deponije za prst v industrijski coni Grajske njive.
7.
Zaključna dela:
odstranitev gradbiščnih objektov in ureditev zemljišč.