Stroški v zvezi z izdajo, podaljšanjem, spremembo in odvzemom dovoljenja za promet z zdravilom so naslednji in so določeni v višini:
SIT - stroški izdaje strokovnega mnenja o razvrstitvi izdelkov med zdravila ali v skupino zdravil za uporabo v humani medicini 20.000 - stroški dodelitve kode EAN - 13 in izdaje identifikacijskih številk sistema EAN, za vsako registrsko številko 1.500 - stroški izdaje dovoljenja za promet z zdravilom po 14. ali 15. členu zakona (popolna dokumentacija) 320.000 - stroški izdaje dovoljenja za promet po 15. členu zakona (skrajšana dokumentacija) 260.000 - stroški podaljšanja dovoljenja za promet z zdravilom po 33. in 34. členu pravilnika o postopku za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom (Uradni list RS, št. 67/00) 250.000 - stroški podaljšanja dovoljenja za promet z zdravilom po 33. členu pravilnika o postopku za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom 150.000 - stroški spremembe dovoljenja za promet z zdravilom: - priglasitev spremembe tipa I 50.000 - odobritev spremembe tipa I, ki se obravnava na podlagi inšpekcijskega pregleda ali mnenja izvedenca po 47. členu pravilnika o postopku za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom 100.000 - odobritev spremembe tipa II 150.000 - obravnava spremembe, ki zahteva novo vlogo 200.000 - stroški prenosa dovoljenja za promet z zdravilom na drugo pravno/fizično osebo 50.000 - stroški prenehanja veljavnosti dovoljenja za promet z zdravilom, na zahtevo predlagatelja 20.000 - stroški prenehanja veljavnosti dovoljenja za promet z zdravilom, na podlagi odločbe pristojnega organa 50.000– stroški izdaje dovoljenja za promet z zdravilom, ki se izdaja brez recepta v lekarnah ali specializiranih prodajalnah 260.000 SIT – stroški izdaje dovoljenja za promet za dodatno obliko in/ali jakost v skupnem predlogu za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom 100.000 SIT – stroški izdaje dovoljenja za promet za dodatno pakiranje v skupnem predlogu za pridobitev dovoljenja za promet z zdravilom 50.000 SIT – stroški podaljšanja dovoljenja za promet za dodatno farmacevtsko obliko in/ali jakost v skupnem predlogu za podaljšanju dovoljenja za promet z zdravilom 50.000 SIT – stroški podaljšanja dovoljenja za promet za dodatno pakiranje v skupnem predlogu za podaljšanje dovoljenja za promet z zdravilom 20.000 SIT – stroški spremembe dovoljenja za promet z zdravilom, in sicer odobritev spremembe tipa I, ki terja spremembo dovoljenja za promet, povzetka glavnih značilnosti zdravila, navodila za uporabo zdravila ali ovojnine (40. člen pravilnika) in se ne obravnava na podlagi inšpekcijskega pregleda ali mnenja izvedenca po 47. členu pravilnika 70.000 SIT
Ne glede na določila šestnajste in sedemnajste alinee prejšnjega odstavka stroški izdaje dovoljenja za promet za dodatne farmacevtske oblike, jakost in pakiranja v skupnem predlogu za pridobitev dovoljenja za promet ne presežejo 400.000 SIT.
Ne glede na določila osemnajste in devetnajste alinee prvega odstavka tega člena stroški podaljšanja dovoljenja za promet za dodatne farmacevtske oblike, jakosti in pakiranja v skupnem predlogu za podaljšanje dovoljenja za promet ne presežejo 200.000 SIT.
Ne glede na določila sedme, osme, devete, desete, dvanajste in dvajsete alinee prvega odstavka tega člena stroški sprememb tipa I in II (tudi spremembe tipa I, ki terjajo spremembo dovoljenja za promet, povzetka glavnih značilnosti zdravila, navodila za uporabo zdravila ali ovojnine) ter stroški prenosa dovoljenja za promet na drugo pravno/fizično osebo v predlogu za spremembo dovoljenja za promet za zdravilo v isti farmacevtski obliki (različne jakosti in pakiranja) ne presežejo 300.000 SIT, če so spremembe vložene sočasno.
Ne glede na določila dvajsete alinee prvega odstavka tega člena stroški za spremembo imena in/ali naslova imetnika dovoljenja za promet v več kot štirih dovoljenjih za promet hkrati ne presežejo 300.000 SIT.