Direktorja imenuje Vlada Republike Slovenije na predlog sveta javne agencije.
Namestnika direktorja imenuje direktor na podlagi soglasja sveta javne agencije.
Za direktorja in namestnika direktorja je lahko imenovana oseba, ki izpolnjuje pogoje po zakonu in:
-
aktivno obvlada angleški jezik,
-
pozna ustroj institucij Evropske unije,
-
ima praktične izkušnje s strukturnimi instrumenti Evropske unije.