Določba tretjega odstavka 13. člena uredbe se uporablja za proizvodne naprave na bioplin, ki se priključijo na elektroenergetsko omrežje po 1. juliju 2012.
Za proizvodne naprave na bioplin, ki za proizvodnjo bioplina uporabljajo substrat, ki vsebuje več kot 40 prostorninskih odstotkov glavnega pridelka njiv, za katere je gradbeno dovoljenje izdano do 1. julija 2011 in ki se priključijo na elektroenergetsko omrežje od dneva uveljavitve te uredbe do 1. julija 2012, se spremenljivi del referenčnih stroškov določi v višini 100 %.
Proizvodne naprave na bioplin, ki za proizvodnjo bioplina uporabljajo substrat, ki vsebuje več kot 40 prostorninskih odstotkov glavnega pridelka njiv, za katere je gradbeno dovoljenje izdano po 1. juliju 2011 in ki se priključijo na elektroenergetsko omrežje do 1. julija 2012, niso upravičene do podpore.