Da se zagotovi enoten postopek železniških transportnih podjetij pri določanju cen za prevoz potnikov in blaga, predpisuje skupnost JŽ metodologijo za določanje cen za prevoz potnikov in blaga.
Metodologija za določanje cen za prevoz potnikov in blaga predpisuje sistem enotnega izkazovanja in razporejanja prevoznih stroškov, posebej za prevoz potnikov in posebej za prevoz blaga, osnove za izračunavanje stroškov začetnih, končnih, prekladalnih in drugih manipulacij in samega prevoza blaga po njihovih vrstah in načinu prevoza, ter način izračunavanja stroškov in cen za prevoz potnikov in blaga po progah in relacijah.