Dejavnosti Hidroinštituta v skladu z Uredbo o standardni klasifikaciji dejavnosti (Uradni list RS, št. 69/07 in 17/08) so:
Hidroinštitut kot multidisciplinarni javni raziskovalni zavod, povezan z visokošolskimi organizacijami v okviru Programa dela Hidroinštituta izvaja kot javno službo raziskovalne programe, ki predstavljajo zaokroženo področje raziskovalnega dela, za katerega je pričakovati, da bo v svetu aktualen še v naslednjem desetletju in je hkrati za Slovenijo tako pomembno, da obstaja državni interes, da se na tem področju dolgoročno raziskuje. Hidroinštitut opravlja temeljno in aplikativno raziskovanje ter skrbi za razvoj in delovanje infrastrukture v okviru Raziskovalne in inovacijske strategije Slovenije.
Hidroinštitut se vključuje v mednarodno znanstveno raziskovalno dejavnost in se v ta namen povezuje s sorodnimi organizacijami v svetu.