Hidroinštitut upravlja Upravni odbor.
Člani upravnega odbora so strokovnjaki iz znanosti, izobraževanja, tehnologije in gospodarstva.
Upravni odbor Hidroinštituta ima pet članov, od katerih:
-
dva člana imenuje ustanovitelj, in sicer enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za raziskovalno dejavnost, in enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za gospodarstvo;
-
dva člana imenuje znanstveni svet Inštituta iz vrst uporabnikov Inštituta, ki imajo dolgoročen interes pri povezovanju raziskovalnih dejavnosti Inštituta, oziroma zainteresirane javnosti. Imenovana člana s strani uporabnikov ne smeta prihajati iz iste institucije;
-
enega člana izvolijo zaposleni delavci Hidroinštituta izmed sebe.
Imenovanje enega člana iz kolektiva zaposlenih v upravni odbor zavoda se izvede na zboru delavcev, ki ga skliče direktor zavoda.
Predsednika Upravnega odbora Hidroinštituta izvolijo člani Upravnega odbora izmed sebe.
Način imenovanja članov iz vrst uporabnikov dejavnosti Hidroinštituta, ki imajo dolgoročen interes pri povezovanju raziskovalnih dejavnosti Hidroinštituta, oziroma zainteresirane javnosti in izmed zaposlenih delavcev na Hidroinštitutu se podrobneje določi v statutu.