Sredstva, potrebna za izvajanje svojih dejavnosti, Hidroinštitut pridobiva:
-
iz državnega proračuna za izvajanje javne službe in drugih nalog, ki se sofinancirajo preko javnih razpisov,
-
iz sredstev proračuna Evropske unije in
-
s plačili naročnikov z opravljanjem dejavnosti za trg.