Organ upravljanja centra je Svet. centra.
Svet zavoda šteje devet članov, od katerih imenuje ministrstvo, pristojno za šolstvo, znanost in šport, štiri člane, ministrstvo, pristojno za kulturo, enega člana, združenje ravnateljev osnovnih šol enega člana in delavci zavoda tri člane, ki jih volijo delavci zavoda neposredno in tajno po postopku, ki ga določi Svet zavoda.
Mandat "sveta centra traja štiri leta, razen za predstavnika učencev, ki traja dve leti.
Predsednika sveta centra imenuje minister, pristojen za šolstvo.
Svet centra veljavno sklepa, če je na seji navzoča večina vseh članov sveta centra.
Svet centra veljavno sprejme odločitev z večino glasov navzočih članov, razen statuta in. letnega programa dejavnosti, ki se sprejemata z večino glasov vseh članov sveta centra.