Skladiščni del kmetijske apoteke je namenjen za sprejemanje, skladiščenje in izdajanje fitofarmacevtskih sredstev ter naprav za njihovo tretiranje, v posebnem ograjenem delu prostora pa za shranjevanje semen in sadik.
V skladiščnem delu kmetijske apoteke morajo biti police postavljene na način, ki omogoča nemoteno shranjevanje in izdajanje fitofarmacevtskih sredstev
V prodajnem in skladiščnem delu mora biti vdelana ustrezna ventilacija, ki zagotavlja pogoje za ohranjanje kakovosti fitofarmacevtskih sredstev