Prodajni del kmetijske apoteke je namenjen za izdajanje fitofarmacevtskih sredstev in naprav za njihovo tretiranje. Fitofarmacevtska sredstva morajo biti shranjena na policah ali v steklenih vitrinah glede na namen uporabe in skupino strupenosti sredstva.
V prodajnem delu kmetijske apoteke morajo biti police postavljene na način, ki omogoča nemoteno shranjevanje in izdajanje fitofarmacevtskih sredstev.
Če se v prodajnem delu opravlja tudi trgovanje s semeni in sadikami, morajo biti semena in sadike v posebnem, ograjenem prostoru prodajnega dela.