1) Centralni urad CEEPUS ima sedež na Dunaju. Urad ima zahtevano pravno sposobnost za opravljanje svojih nalog.
2) Generalnega sekretarja centralnega urada CEEPUS na predlog Republike Avstrije z dvotretjinsko večino glasov izvoli skupni odbor za sedem let. Generalni sekretar je lahko pred koncem svojega mandata zamenjan s soglasno odločitvijo skupnega odbora.
3) Republika Avstrija financira infrastrukturo, potrebno za izpolnjevanje nalog centralnega urada CEEPUS, vključno s plačami generalnega sekretarja in osebja urada.
4) Stroške predstavnikov pogodbenic ali katerega koli osebja, ki je premeščeno v centralni urad CEEPUS, plača posamezna pogodbenica.
5) Pogodbenice morajo zagotoviti prostovoljno financiranje za dejavnosti centralnega urada CEEPUS za boljše izvajanje sodelovanja.
6) Centralni urad CEEPUS ima usklajevalno in ocenjevalno nalogo, pogodbenice pa obdržijo izključno pristojnost in nadzor nad svojim proračunom za sodelovanje.
7) Centralni odbor CEEPUS predvsem:
• obvešča skupni odbor na njegovem naslednjem sestanku o odločitvah, ki jih je generalni sekretar sprejel v času med dvema sestankoma skupnega odbora glede nujnih tehničnih in upravnih zadev;
• pripravlja letno poročilo o napredku in celostno ovrednoti izvajanje tega sporazuma;
• predloži predloge za nadaljnji razvoj sodelovanja;
• pripravlja in organizira sestanke skupnega odbora in delovnih skupin ter sestavlja zapisnike teh sestankov;
• podpira izvajanje odločitev, ki jih sprejme skupni odbor;
• razvija skupno strategijo za stike z javnostjo za sodelovanje in pogodbenicam svetuje o politikah obveščanja;
• objavlja informacije o sodelovanju med udeleženimi univerzami pogodbenic.