Za izvajanje tega sporazuma pristojna organa ustanovita mešano slovensko-črnogorsko komisijo za znanstveno in tehnološko sodelovanje (v nadaljevanju mešana komisija), sestavljeno iz enakega števila predstavnikov in strokovnjakov, ki jih imenujeta pristojna organa.
Delo mešane komisije bo usmerjeno v vzpostavitev organizacijskih in finančnih pogojev za zagotavljanje znanstveno-tehnološkega sodelovanja. Mešana komisija predlaga, usklajuje in spremlja uresničevanje skupnih programov znanstveno-tehnološkega sodelovanja.
Mešana komisija sprejema dveletne programe sodelovanja, nadzoruje njihovo izvajanje in po potrebi predlaga konkretne ukrepe za uresničevanje rezultatov sodelovanja.
Mešana komisija se sestaja vsaki dve leti ali po potrebi pogosteje na zahtevo ene od pogodbenic izmenično v Republiki Sloveniji in Črni gori.