Zavod je pri svojem delu avtonomen, kar mu zagotavlja predvsem:
1.
svobodo raziskovanja in posredovanja znanja;
2.
samostojno upravljanje sredstev stabilnega financiranja v skladu z Zakonom o znanstvenoraziskovalni in inovacijski dejavnosti (Uradni list RS, št. 186/21; v nadaljnjem besedilu: ZZrID);
3.
samostojno urejanje notranje organiziranosti in delovanja v skladu s predpisi, tem sklepom in statutom;
4.
sprejemanje pogojev za izvolitev v raziskovalne nazive ob upoštevanju minimalnih pogojev, določenih v splošnem aktu Javne agencije za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost Republike Slovenije (v nadaljnjem besedilu: ARIS);
5.
izvolitve v raziskovalne nazive;
6.
izbiro zaposlenih za zasedbo delovnih mest;
7.
oblikovanje in določitev področij znanstvenoraziskovalnega dela;
8.
volitve, imenovanja in odpoklic organov v skladu z ZZrID, statutom in drugimi akti;
9.
odločanje o oblikah sodelovanja z drugimi organizacijami.