Pri javnih razpisih iz 2. točke prvega odstavka 2. člena tega pravilnika, ki se izvajajo kot dvostranski javni razpisi, predlog izbora vlog za obravnavo pri skladno z veljavnimi mednarodnimi akti pristojnih mednarodnih organih (npr. skupni odbori, skupne komisije) pripravi imenovani slovenski del mednarodnih organov, pri čemer upošteva ovrednotenje kvalitete raziskovalnih projektov oziroma programov po metodologiji ministrstva. Ovrednotenje vključuje: pomen rezultatov raziskav za družbeni in gospodarski razvoj Republike Slovenije, znanstveno odličnost oziroma aplikativnost raziskav, potencialne možnosti za vključitev v raziskovalne projekte EU, uporabnost projekta v praksi oziroma gospodarstvu, reference vodje projekta in raziskovalne skupine, vključenost mladih raziskovalcev in izvedljivost projekta. Obrazložen sklep o izboru vlog za sofinanciranje (zlasti odobritev števila izmenjav in odobritev pripadajočih sredstev) izda ministrstvo, na podlagi izbire pristojnih mednarodnih organov, na katero je ministrstvo vezano.
Pri javnih razpisih iz 2. točke prvega odstavka 2. člena tega pravilnika, ki se izvajajo kot enostranski javni razpisi, predlog izbora vlog za sofinanciranje pripravi s strani ministra imenovana strokovna komisija. Strokovna komisija pri tem upošteva v prvem odstavku tega člena določeno ovrednotenje kvalitete raziskovalnih projektov oziroma programov po metodologiji ministrstva. Obrazložen sklep o izboru vlog za sofinanciranje (zlasti odobritev števila izmenjav in odobritev pripadajočih sredstev) izda ministrstvo.