Prejemniki subvencij morajo omogočiti ministrstvu nadzor nad porabo subvencije. Nadzor se izvaja v skladu s predpisi za nadziranje namenskosti porabe proračunskih sredstev.
V primeru, da se ugotovi, da se sredstva subvencij uporabljajo nenamensko, ministrstvo prekine izplačevanje sredstev in odstopi od pogodbe ter zahteva vrnitev vseh že izplačanih sredstev v realni vrednosti vključno z zakonitimi zamudnimi obrestmi.
V primeru, da pri izvajanju mednarodne raziskave ali projekta pride do sprememb, je prejemnik subvencije dolžan v roku 15 dni o teh spremembah obvestiti odgovorno osebo ministrstva, sicer se šteje, da se sredstva uporabljajo nenamensko.