Organa upravljanja agencije sta svet agencije in generalni direktor agencije.
Svet agencije ima predsednika in šest članov, ki so imenovani za dobo štirih let.
Predsednika in tri člane sveta agencije imenuje vlada iz vrst neodvisnih strokovnjakov, tri člane imenuje Banka Slovenije.
Agencijo vodi in zastopa generalni direktor, ki ga imenuje in razrešuje vlada za dobo štirih let.