Pomočniki direktorjev se zaposlijo za določen čas, ki ne sme biti daljši od trajanja mandata direktorja oziroma ne več kot pet let in se lahko ponovi na podlagi javnega razpisa ali neposrednega povabila. Pogoji javnega razpisa veljajo tudi za neposredno vabljene kandidate. Ista oseba je lahko imenovana za pomočnika direktorja za posamezno področje največ dvakrat.
Pomočniki direktorja so lahko razrešeni pred potekom mandata iz istih razlogov kot direktor. Pomočnike direktorja razreši direktor na podlagi predhodnega mnenja sveta zavoda. Svet zavoda mora mnenje izdati v 30 dneh od dneva, ko je bil zanj zaprošen, sicer se šteje, da je mnenje pozitivno.
Pred sprejemom sklepa o razrešitvi mora direktor seznaniti pomočnike direktorja o razlogih za razrešitev in jim dati možnost, da se v roku 15 dni o njih izjavijo.
Pomočniki direktorja odgovarjajo direktorju za strokovnost in zakonitost dela.