Sekretariat SNAV, ki ga imenuje vlada, operativno usklajuje aktivnosti za delovanje SNAV, skrbi za usklajeno izvedbo stališč SNAV ter opravlja druge naloge za SNAV. Strokovna in administrativno-tehnična dela za sekretariat SNAV opravlja služba, ki jo določi vlada.
Sekretariat SNAV sestavljajo:
– svetovalec predsednika vlade za nacionalno varnost oziroma oseba, ki jo določi, in ki vodi sekretariat,
– direktor Slovenske obveščevalno-varnostne agencije, ki je namestnik vodje,
– generalni direktor Policije,
– načelnik Generalštaba Slovenske vojske,
– direktor Obveščevalno-varnostne službe pri Ministrstvu za obrambo,
– državni sekretar v Ministrstvu za zunanje zadeve,
– državni sekretar v Ministrstvu za obrambo,
– državni sekretar v Ministrstvu za notranje zadeve,
– poveljnik Štaba Republike Slovenije za civilno zaščito,
– direktor Službe Vlade Republike Slovenije za zakonodajo in
– namestnik generalnega sekretarja oziroma oseba, ki jo določi generalni sekretar vlade.