O pritožbah zoper odločitve komisije za sprejem odloča komisija za pritožbe.
Komisija za pritožbe ima tri člane. En član je visokošolski učitelj, znanstveni delavec ali visokošolski sodelavec visokošolskega zavoda s sedežem na območju obalnih občin, en član je iz vrst študentov, ki ne bivajo v študentskih domovih in en član je iz vrst zaposlenih v Visokošolskem središču v Kopru. Komisijo imenuje Svet Visokošolskega središča v Kopru.