Če agencija ugotovi, da je bilo izplačilo sredstev iz programa SAPARD nepravilno ali neupravičeno izvršeno, mora takoj zahtevati vračilo sredstev v proračun Republike Slovenije.
Agencija zagotovi sredstva za vračilo sredstev iz prejšnjega odstavka, zamudne obresti in upravne kazni, in sicer v okviru finančnega načrta prihodkov in odhodkov. Za vračilo sredstev se ne sme uporabiti sredstev programa SAPARD, sredstev domače soudeležbe in tudi ne drugih namenskih sredstev.
Če sredstva agencije ne zadostujejo za vračilo sredstev iz prejšnjega odstavka, manjkajoča sredstva zagotovi Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano.