Izplačila sredstev iz programa SAPARD se opravijo v tolarjih in se knjižijo v breme evro računa SAPARD. Plačilni nalogi za izplačilo sredstev upravičencem morajo biti izdani v treh dneh po tej obremenitvi ter temeljijo na obračunu izdatkov upravičenca za izbrani projekt.
Nacionalni sklad potrjuje letne obračune agencije ter evro računa SAPARD.
Nacionalni sklad pripravlja letno poročilo o primernosti poslovodnih in nadzornih sistemov agencije za zagotavljanje skladnosti izplačil sredstev iz programa SAPARD s pravili finančnega sporazuma in akreditacijskimi pogoji.
Agencija vzpostavi knjigo dolžnikov, v katero se vnesejo zapadle garancije, povrnjena izplačila itd.