Na predlog direktorja agencije izda minister, pristojen za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano notranji akt agencije, s katerim se zagotavlja dosledna nezdružljivost nalog odobritve obveznosti in izplačil sredstev iz programa SAPARD, nalog izvrševanja izplačil sredstev ter nalog računovodstva obveznosti in izplačil sredstev.
V aktu agencije mora biti določeno, da posamično nalogo iz prejšnjega odstavka opravlja delavec s posebnimi pooblastili, ki ni pristojen za opravljanje več kot ene naloge iz prejšnjega odstavka. V pooblastilu, ki ga delavcu izda direktor agencije, mora biti določena tudi finančna omejitev njegovega pooblastila.
V skladu z aktom iz prvega odstavka direktor agencije določi:
Postopki iz prejšnjega odstavka morajo zagotoviti, da se obravnavajo le tiste vloge in zahtevki za izplačila ki so v skladu s predpisanimi kriteriji.
Vloga in zahtevek se odobrita, ko se izvede zadostno preverjanje, da se preveri skladnost s pravili finančnega sporazuma in vsebino programa SAPARD. Ta preverjanja obsegajo preverjanja ki zahtevajo pravila za vsak posamezen ukrep v okviru katerega se zahtevajo sredstva in pravila za preprečevanje in odkrivanje prevar in nepravilnosti pri čemer se posebej upošteva tveganje. Vloge in zahtevke se preverja tako, da se ugotovi izpolnjevanje pogojev, upravičenost, popolnost dokumentov, pravilno spremljajoče dokumentacije, datum prejema itd.