Agencija mora vzpostaviti ustrezen sistem poročanja o izvajanju nalog iz 5. člena te uredbe.
Sistem poročanja agencije mora zagotoviti preglednost zakonitosti in skladnosti opravljenega dela agencije z akreditacijskimi kriteriji in predpisanimi postopki dela agencije. Sistem poročanja mora vsebovati tudi evidenco o neizvršenih in nepravočasno izvršenih nalogah agencije.
Poročila morajo biti dostopna nacionalnemu skladu, ministrstvu, pristojnemu za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, Ministrstvo za finance ter pooblaščenim organom Evropske skupnosti.