V času izvajanja mobilizacije potniški vlaki vozijo po rednem voznem redu.
Po predhodni prijavi se večji prevozi organizirajo s posebnimi vlaki. Prijava za večji prevoz je hkrati tudi naročilo za zagotovitev ustreznih vagonov. Rok prijave prevozov je do 12 ur pred začetkom prevoza.
Za prevoz specialnih vojaških tovorov (goseničnih vozil, težkih predmetov in podobno) se uporabljajo vagoni SMMPS/SPS. Nakladalno razkladalne klančine in industrijske tire zagotovijo Slovenske železnice prednostno za potrebe Slovenske vojske.
Pri prevozih po železnici za potrebe mobilizacije Slovenske železnice omogočajo izvajanje posebnih varnostnih ukrepov Slovenski vojski, katera jih izvaja v skladu z veljavnimi predpisi.