Direktor agencije organizira in vodi njeno delo ter poslovanje, jo zastopa in predstavlja in je odgovoren za zakonitost njenega dela.
Direktor agencije lahko samostojno sklepa posle v okviru finančnega načrta.
V odsotnosti direktorja agencije zastopa agencijo oseba, ki jo pooblasti direktor agencije, in sicer v okviru pravic in dolžnosti, za katere jo pooblasti direktor.
Direktor lahko določi delavce s posebnimi pooblastili.