Zaradi kršitve postopka je dovoljena pritožba pristojnemu organu univerze oziroma samostojnega visokošolskega zavoda. Rok za pritožbo se določi v sklepu o izidu izbirnega postopka.
Če pristojni organ na podlagi predloženih dokumentov ugotovi, da je bila pritožba utemeljena in da je zaradi nepravilnosti v postopku prišlo do napačne razvrstitve, visokošolski prijavno-informacijski službi oziroma, v tretjem roku, visokošolskemu zavodu naloži, da kandidata naknadno obravnava in uvrsti na seznam sprejetih, če izpolnjuje pogoje za vpis.
Odločitev pristojnega organa je dokončna.