Na podlagi načrta monitoringa iz prejšnjega člena nosilec monitoringa izdela program, praviloma za obdobje dveh let (v nadaljnjem besedilu: tekoče obdobje), ki ga potrdi minister. Program za novo tekoče obdobje se izdela najkasneje do konca zadnjega leta pred začetkom izvajanja programa.
Program iz prejšnjega odstavka vsebuje najmanj:
Pri pripravi programa mora nosilec v seznam pesticidov vključiti vse pesticide, ki se uporabljajo in lahko vplivajo na zdravje človeka.
Program monitoringa se na vseh odvzemnih mestih za tekoče obdobje izvaja v celoti, kot je opredeljeno v seznamu pesticidov za tekoče obdobje. Program mora vsebovati tudi pesticide, ki so vključeni v program Evropske unije.