(So)financiranje mednarodnega sodelovanja slovenskih raziskovalcev se izvaja na podlagi dvostranskega javnega razpisa. Kadar mednarodni akt ne določa obveznosti tuje strani, da ta (so)financira mednarodno sodelovanje slovenskih raziskovalcev, se (so)financiranje znanstvenoraziskovalnega sodelovanja iz 1. točke 2. člena tega pravilnika izvaja na podlagi enostranskega javnega razpisa.
Pri dvostranskih javnih razpisih predlog izbora prijav za obravnavo pri pristojnih mednarodnih organih, kot jih določajo veljavni mednarodni akti (npr. skupnem odboru, mešani komisiji), pripravi komisija v sodelovanju z imenovanim slovenskim delom mednarodnih organov, pri čemer upošteva dodatna merila, ki jih določajo mednarodni akti in so navedeni v javnem razpisu. Sklep o izboru prijav za (so)financiranje izda upravni odbor agencije na podlagi izbire pristojnih mednarodnih organov, na katero je vezan.