Prejemniki sredstev po pogodbi morajo omogočiti agenciji nadzor nad porabo sredstev. Nadzor se izvaja v skladu s predpisi za nadziranje namenskosti porabe proračunskih sredstev.
Če agencija ugotovi nenamensko porabo sredstev, prekine izplačevanje sredstev in odstopi od pogodbe ter zahteva vrnitev vseh že izplačanih sredstev v realni vrednosti, vključno z zakonitimi zamudnimi obrestmi.
Če pri izvajanju mednarodne raziskave ali projekta pride do sprememb, je prejemnik sredstev dolžan v 15 dneh o teh spremembah obvestiti odgovorno osebo agencije, sicer se lahko šteje, da se sredstva uporabljajo nenamensko.
Če se ugotovi, da je bilo znanstvenoraziskovalno sodelovanje zaključeno, pri tem pa sredstva niso bila namensko porabljena, agencija zahteva vrnitev izplačanih sredstev, ki so bila nenamensko porabljena, skupaj z zakonitimi zamudnimi obrestmi.