Invalidska komisija II. stopnje daje izvedenska mnenja v pritožbenih postopkih in opravlja revizijo pozitivnih izvedenskih mnenj invalidskih komisij I. stopnje in zdravnikov posameznikov.
Invalidska komisija II. stopnje oblikuje strokovno doktrino, spremlja in nadzira izvajanje strokovne doktrine, skrbi za enotnost in usklajenost dela invalidskih komisij I. stopnje ter za enotnost kriterijev ocenjevanja okoliščin iz 2. člena tega pravilnika. V primerih ugotovljenih nepravilnosti predlaga ustrezne ukrepe, izdaja priporočila, obvezna strokovna mnenja in navodila ter jih objavlja in vodi v posebni zbirki izvedenske prakse zavoda.
Invalidska komisija II. stopnje najmanj enkrat letno organizira sestanek z izvedenci na območni enoti zavoda in/ali izpostavi zavoda.