Nacionalni koordinator je lahko oseba, ki izpolnjuje pogoje za odgovornega nosilca znanstveno-raziskovalnega projekta iz 29. člena zakona o raziskovalni dejavnosti in 15. člena pravilnika o pogojih in metodologiji izbora financiranja projektov temeljnega in aplikativnega raziskovanja ter razvoja (Uradni list RS, št. 5/94 in 21/97).
Nacionalnega koordinatorja imenuje minister za določeno raziskovalno področje v okviru znanstvenih ved na predlog znanstveno-raziskovalnega sveta za posamezno področje v okviru znanstvene vede izmed kandidatov, ki jih predlagajo odgovorni nosilci potekajočih projektov temeljnega in aplikativnega raziskovanja.
Znanstveno-raziskovalni svet za posamezno področje oblikuje predlog za nacionalnega koordinatorja na podlagi javne predstavitve kandidatov, ki jo organizira pristojni znanstveno-raziskovalni svet posamezne znanstvene vede.
Funkcija nacionalnega koordinatorja ni združljiva s funkcijami predsednika oziroma namestnika predsednika Nacionalnega znanstveno-raziskovalnega sveta in predsednika oziroma namestnika predsednika znanstveno-raziskovalnega sveta.
Za nacionalnega koordinatorja praviloma ne more biti imenovan rektor univerze, dekan fakultete oziroma visoke strokovne šole ter direktor javnega raziskovalnega zavoda.
Nacionalni koordinator ima namestnika, ki je eden izmed članov personalnega jedra in ga imenuje minister na predlog nacionalnega koordinatorja.
Nacionalni koordinator in njegov namestnik se imenujeta za tri leta in sta lahko največ dvakrat zaporedoma imenovana na isto funkcijo.